Firmy, które uzyskały pomoc z tarczy antykryzysowej mogą w najbliższym czasie spodziewać się kontroli z różnych instytucji państwowych. Oprócz powszechnych dotychczas kontroli skarbowych, firmy zostaną obciążone również kontrolą z Zakładu Ubezpieczeń Społecznych, Powiatowego Urzędu Pracy oraz z Państwowego Funduszu Rozwoju. Instytucje kontrolujące będą mieć prawo do wymiany posiadanych informacji. Przedsiębiorcy, którzy przed rozpoczęciem pandemii skorzystali z dotacji na rozpoczęcie działalności z Urzędu Pracy oraz skorzystali z bezzwrotnej pożyczki z tytułu COVID-19 mieli już pierwsze zapowiadane wcześniej kontrole.
Tarcza antykryzysowa 4.0 wprowadziła przepisy pozwalające instytucjom za zgodą przedsiębiorcy przeprowadzenie kontroli w sposób zdalny (przy pomocy środków komunikacji elektronicznej).
Czynności sprawdzające mają na celu zweryfikowanie, czy przedsiębiorcy działali zgodnie z prawem, a mianowicie czy pieniądze uzyskane z pomocy tarczy antykryzysowej zostały faktycznie wydatkowane na ratowanie swoich firm, czyli na bieżące potrzeby działalności. Problemem staje się określenie, które wydatki będą uznane za odpowiednie. Przedsiębiorcy będą musieli również wykazać, że różne wydatki były pokryte z różnych instrumentów pomocowych, ponieważ zabroniono wielokrotnego otrzymywania środków na ten sam cel.
Weryfikowane będzie również czy celowo nie zaniżono danych o przychodach w celu spełnienia warunków otrzymania pomocy, ponieważ możliwość zaniżenia przychodów była stosunkowo prostym zabiegiem, m. in. poprzez odłożenie fakturowania na kolejny miesiąc lub aneksowanie umów z kontrahentami zmieniając okresy rozliczenia. W toku postępowania organ podatkowy może uznać, że faktyczną przyczyną spadku obrotu było inne źródło, na przykład błędne oszacowanie przez przedsiębiorcę popytu na jego produkty lub błędne decyzje biznesowe, a epidemia nie miała wpływu na sytuację ekonomiczną przedsiębiorcy w stopniu pozwalającym zastosowanie przepisów o udzieleniu pomocy.
Aby jak najlepiej przygotować się na przyszłe kontrole istotne jest zbieranie faktur, rachunków i innych dowodów dokumentujących poniesione wydatki oraz bieżące i sumienne prowadzenie przez przedsiębiorcę odpowiedniej dokumentacji (np. sprawozdania finansowego, bilansu, rachunku zysków i strat, zestawienia obrotów i sald za okres od stycznia do kwietnia 2020 r., zestawienia aktualnej wartości zobowiązań, terminu ich płatności), zwłaszcza że uzyskując pożyczkę, przedsiębiorca zobowiązał się do udzielania rzetelnych informacji oraz przekazania dokumentów potwierdzających realizację umowy. Skutecznym narzędziem obrony jest, aby przedsiębiorcy w razie zaistnienia wątpliwości w ich sprawie powoływali się na art. 11 Prawa Przedsiębiorców, dzięki któremu wątpliwości rozstrzygane są na korzyść przedsiębiorcy. Można również powoływać się na trudności komunikacyjne w okresie marzec – kwiecień br., lub wystąpić na drogę sądową.
Niesłusznie przyznane kwoty przedsiębiorca w całości lub w części wraz z należnymi odsetkami będzie zobowiązany zwrócić. Może również zostać nałożona na firmę kara grzywny z kodeksu karnego skarbowego. Organy będą mieć 5 lat na wydanie takich decyzji.